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低溫保存法
簡單保存法，將瓊脂斜面孢子培養物、菌絲懸浮液以及由麩皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培養物置于4℃冰箱保存,保存時間不超過1～2個月，若將谷物原料制備的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蠟,以隔絕外界空氣和水汽,保持時間可達3～4個月；
液氮---溫保存法，將生長穩定期的細胞懸浮在10%甘油或其他低冰點液體中，密封于安瓿管內，然后控制冷卻速度，使安瓿管溫度逐步下降至 -35℃時，即可置于-150～-196℃的液氮罐中保存。大多數微生物如---、噬菌體、多種---、酵母和原蟲、---是一些用冷凍干燥法有困難的微生物，都可用此法長期保存。
脫水存法
沙土保存法，能產孢子的---及霉菌可采用此法保存,即將沙和土以3:2比例混合，經稀酸處理洗凈過篩,裝入小試管內,裝置高度為1cm;滅菌2～3次，烘干后即可將在斜面培養基上生長---的孢子，用無菌蒸餾水2～2.5ml制成孢子懸液，吸取少許加入沙土管中，經真空抽干，外觀呈松散狀態,于4℃冰箱保存，保存期可達5～7年。
冷凍干燥法,將孢子懸浮液與保護劑一般用脫脂牛奶相混合，放在安瓿管內于-20～-30℃的---浴中速凍。然后，在低溫下用真空泵抽干，并用氧化磷或干冰使水汽結凍，熔封安瓿管，于低溫下保存。保存期可達5～10年之久。
石蠟油封存法，在斜面菌種培養物上,倒上滅菌后的石蠟油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低溫干燥處保存，此法不適用于能利用石蠟油作碳源的微生物，保存期為一年以上。
實驗室的傳代保藏過程
1. 按說明書要求復溶菌粉，轉種于適當的增菌培養基內g1，復壯后轉接至平板上，并于適當溫度下培養適當時間，分離出單個純種菌落，此為第2代g2。
2. 鑒定完成后，挑取純菌落制成濃菌懸液用于制備甘油冷凍管，同時挑取純菌落轉接斜面作為工作用。此時，保藏為第2代，但工作用則為第三代。
3. 將第2代管冷凍保存，將工作用于適當溫度下培養適當時間后可用于試驗。
4. 取一支冷凍保存的g2代轉種于平板和斜面培養基上，平板上的制成冷凍保藏管第三代g3，斜面培養基經適當溫度下培養適當時間后用作工作用w3。
5. 將第三代g3冷凍或低溫保存，將生長、轉種后的g2經滅菌處理后丟棄。
6. 當工作用代數小于5時，可直接用上一代工作用轉接下一代工作用，如w3可直接轉接為w4。
7. 按上述程序操作，直至g4轉為w5為止，需重新開啟安瓿，再重復上述操作程序、保藏和使用。
以上方法中，被分為兩類。傳代用和工作用，傳代用用于甘油冷凍管法保藏，工作用用斜面低溫保藏法保藏。
實驗證明，甘油冷凍管的有效期至少為2年，但其主要適用于---需氧、酵母菌的傳代、保藏、---和芽孢類---則需應用其它方法。
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