蛋白質亞細胞定位的工具現在已經很了，但是基本的理論近年來沒有重大突破，預測結果也需要實驗驗證。比較好的工具有proteome---yst (個人感覺較準的，但是有些蛋白預測不出來)，ptarget，wolfpsort，nucleo針對核定位，亞細胞定位公司，targetp。不同工具特性也不太一樣。可以參考一下工具的發表時間和發表雜志的分量，然后把各種工具的結果綜合一下。
亞細胞定位是指某種蛋白或某個基因表達產物在細胞內的具體存在部位，如在胞核，胞漿內，細胞膜或某一特定細胞器上存在。蛋白分布在不同細胞的不同部位，對蛋白的亞細胞定位分析有助于蛋白功能研究的初步判斷。
亞細胞定位基本技術路線：
提供序列信息或質粒或菌株——亞細胞定位預測軟件分析——植物過表達載體構建——轉化農桿1菌——農桿1菌介導法浸染煙1草或者水稻——亞細胞定位——激光共---掃描
令人關注的是，大約一半的蛋白在1個以上的細胞區室中發現到，這揭示出一群相同的蛋白存在于細胞中的功能上不相關的部分。這一發現進一步闡明了細胞的復雜性
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