北京天演融智軟件有限公司為您提供sequencher dna序列分析軟件。sequencher dna序列分析軟件是科學(xué)家們-的工具。持續(xù)發(fā)展和改進(jìn)超過25年，sequencher提供了-的功能特征，成千上萬的出版物都有相關(guān)的應(yīng)用介紹。新手用戶可以以少的時間投資產(chǎn)生結(jié)果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的-和控制。sequencher自帶各種專有算法，可以為sanger, next-gen sequencing (ngs)和rna-seq序列數(shù)據(jù)生成結(jié)果。
sequencher 5.4.6新功能
為dna序列分析提供了全新的和增強的功能。
sanger
sequencher connections中運行的 primer-blast發(fā)送引物序列到您的sequencher項目中。
在項目窗口中輕松使用一致性序列，作為ngs測序比對混合的參考序列。
新批量處理恢復(fù)結(jié)束命令。
在項目窗口中調(diào)整字體大小的功能。
ngs
gsnap和bwa-mem工作流更快。
構(gòu)建gsnap數(shù)據(jù)庫和bwa索引，這些索引可以被重新用于與整個基因組的對齊。
查看并保存用fastqc報告的ngs原始數(shù)據(jù)文件的分?jǐn)?shù)和元數(shù)據(jù)。
使用samtools在您的ngs校準(zhǔn)中標(biāo)記變量來生成不同的調(diào)用文件(vcf)。
rna-seq
隨著cuffquant和cuffnorm的添加，擴(kuò)展了cufflinks套件的功能。
cuffdiff和 cuffnorm特殊的conditions&replicates編輯器。
使用自定義排序和篩選選項來增強rna-seq可視化功能。
使用增強的外部數(shù)據(jù)瀏覽器輕松管理所有的dna-seq和rna-seq項目。
sanger序列
sequencher使傳統(tǒng)的序列裝配變得容易，同時又能讓您保持對序列的控制。精簡數(shù)據(jù)差的序列。您甚至可以創(chuàng)建一個整潔的標(biāo)準(zhǔn)庫，讓一切變得更簡單。通過直觀的控制，您可以為數(shù)據(jù)選擇jia算法，包括匯編到參考中。如果您正在處理來自不同來源的多個示例，可以通過名稱來對它們進(jìn)行自動裝配。使用工具編輯數(shù)據(jù)-沒有如此簡單過，幫助您定位和處理模棱兩可的問題，還可以檢查雜合子并移動您的數(shù)據(jù)。使用-值幫助修整數(shù)據(jù)、檢查和snp檢測，以提高數(shù)據(jù)結(jié)果的。
序列編輯
sequencher提供一個dna序列編輯工具，您需要-這個序列是juedui正確的。您可以在一個序列中查看一次您的色譜數(shù)據(jù)或在正向和反向方向查看多個對齊的色譜圖。
它可以快速、方便地滾動對齊的數(shù)據(jù)，或者可以使用sequencher的選擇工具來-區(qū)域的差異或低。
序列整理
自動dna測序儀偶爾會產(chǎn)生差的讀數(shù)，-是在測序引物位點附近和接近較長的序列運行的終點。來自dna庫的---序列通常包含向量序列、polya尾或其他不相關(guān)的序列。內(nèi)含子和引物序列經(jīng)常位于外顯子序列的兩側(cè)。除非通過裁剪刪除，否則這些操作將會扭曲您的序列組件和下游序列分析。
sequencher提供了一些簡單但功能-的工具，這些工具可以幫助您修整低或不明確的數(shù)據(jù)。
trim ends從序列片段的末端刪除錯誤的數(shù)據(jù)。
trim vector刪除序列特定的數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)損害了您的序列的末端。
trim to reference消除超出組件的參考序列的序列末端。
在執(zhí)行修剪之前，序列分析器顯示所建議修剪的圖形表示，這允許您進(jìn)一步細(xì)化您的標(biāo)準(zhǔn)。
如果您想還原修剪序列的兩端或一端的基數(shù)，由于您的修剪過于嚴(yán)格，或您想提高覆蓋率，b---h revert trim ends可以讓您做到這一點。只要---幾下，您就可以將儲存的數(shù)據(jù)還原為幾個或幾千個序列，并且對您的序列進(jìn)行-的控制。
序列組裝
sequencher直觀的控制允許您設(shè)置您的序列參數(shù)，并在幾秒內(nèi)調(diào)整這些參數(shù)，還支持用戶快速準(zhǔn)確地組裝自定義的dna。sequencher會自動比較正向和反向補正的方向，以組裝zuijia可能的重疊群，所以您可以根據(jù)方向排列dna序列。
sequencher通用裝配工具應(yīng)用如下
基因變異與參考序列的比較
確認(rèn)向量構(gòu)造
組裝---和---基因組
從cdna庫中集群數(shù)萬個序列
將cdna組合成基因組序列
創(chuàng)建引物圖
組裝參考
參考序列功能-，它是測序和序列分析等的-功能。無論您是從事---學(xué)、系統(tǒng)研究、醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)或人口研究，您都可能使用到參考序列功能。在genbank格式中導(dǎo)入一個序列，將其特性表應(yīng)用到序列中，并將其標(biāo)記為一個引用序列。組裝到參考序列意味著您可以將您的閱讀和原型參考序列進(jìn)行比較。如果您使用來自不同來源的多個示例，您甚至還可以按名稱裝配來自動化您的工作。
您甚至可以使用參考序列來指導(dǎo)去除您感興趣區(qū)域之外的序列或者填補序列覆蓋的空白。
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