蘑菇渣作為栽培基質必須有適宜的理化性質，易分解的有機物大部分分解，施入土壤后不產生氮的生物固定，蘑菇渣供應，通過降解除去酚類---，消滅病原菌、病蟲卵和雜草種子。因此，必須對菇渣進行特定工藝的處理，方可作為栽培基質使用。
通常采用好氧堆肥法，利用微生物菌劑發酵作用，即高溫堆肥發酵，將菇渣與填充料按一定的比例混合，在合適的水分、通氣條件下，使微生物繁殖并降解有機質，從而產生高溫，消滅其中的病原菌及雜草種子，使有機物達到穩定狀態。
將輔料混合，加入清水攪拌均勻，用水泵向菇渣堆均勻噴灑，翻堆混合，直到含水量在50％左右，用手緊抓，指縫有水滲出，覆膜發酵。溫度升高后，經常翻堆，使內外發酵均勻，---溫度在65以下。大概3個月時間，河南蘑菇渣，檢查菇渣堆料顏色，發酵前堆料呈淺黃色，蘑菇渣一噸多少錢，發酵后呈黑褐色，發酵前堆料有新鮮蘑菇味。
蘑菇渣是否可以做肥料
1蘑菇渣可以當成肥料使用，但需要經過發酵處理。
2蘑菇的菌棒中，蘑菇渣生產廠家，主要原料是棉籽殼，木屑，稻草等植物秸稈，其主要成分是難溶于水或不溶于水的纖維素、半纖維素、木質素和果膠質等高分子物質，但是食用菌可以分泌酶，因此，在廢料中會含有豐富的粗蛋白，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，鈣，鉀，硅等礦物質元素。
不發酵直接使用的壞處
1未經發酵的菇渣施加到土壤中后，在發酵過程中會產生較多的熱量，影響到作物的根系部分生長。
2未經發酵的菇渣中施加到土壤中后，容易引起病蟲害。
3未經發酵的菇渣大多為有機態或者是緩效態，不能直接被作物吸收利用。
4菇渣在發酵過程中，會消耗較多的氧氣，導致作物處于缺氧狀態，進而影響作物的生長。
1、蘑菇渣發酵飼料，以1份菌渣配9份混合飼料。
2、發酵劑使用，每100份固體飼料，畜禽飼料、水產飼料等，使用em原液0.1-0.3份，加等量糖蜜或紅糖，用20-30份水稀釋后均勻拌入固體飼料中，裝入塑料袋或容器中密封發酵溫度20℃以上，待出現酒曲醇香氣味，即發酵成功。
3、水份含量掌握在一捏成團、一觸即散。水份過多易腐，過少發酵不充分。密閉保存。可應用于畜禽及水產養殖。
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