在種苗生產過程中重要的工作是水分管理。
尤其是四角和盤邊的孔穴，一定要與中間的孔穴一樣，基質不能裝的過滿，裝滿后各個格室應能清晰可見。
穴盤苗生產水分管理一般以子葉展開為分界線。
在子葉展開之前的水分管理比較簡便，即要穴孔基質的下半部一直保持濕潤。僅僅控制穴孔上半部分基質的干濕交替即可。
育苗盤節省種子用量，降低生產成本。出苗整齊，保持植物種苗生長的一致性，能與各種手動及自動播種機配套使用，便于集中管理，提高工作效率。移栽時不損傷根系，育苗盤，緩苗迅速，成活率高。苗木長大后，就應開始使用控根快速育苗技術，移入控根快速育苗容器內，繼續生長
基質至少要有5mm的---才會有重力作用，使基質中的水分滲下，50孔育苗盤，空氣進入穴孔越深，含氧量就越多。穴孔形狀以四方倒梯形為宜，這樣有利于引導根系向下伸展，多肉育苗盤，而不是象圓形或側面垂直的穴孔中那樣根系在內壁纏繞。較深的穴孔為基質的排水和透氣提供了更有利的條件。
苗盤入床：將已播種的育苗盤鋪放在苗床中，及時用清水將苗盤澆透，澆水時噴灑要輕而勻，防止將孔的基質和種子沖出
苗期管理。移苗補缺：出苗后要及時將苗床上覆蓋的地膜揭去，防止揭膜過遲而形成“高腳苗”。待子葉展開后就要立即進行間苗和移苗補缺，將單多余的苗拔起移入缺苗的空，同時將多余的苗刪除
由于穴盤育苗采用工廠化化生產方式育苗，有利于推廣優良品種，減少種子的---危害，有利于規范化科學管理，提高商品苗。
穴盤育苗在由填料、播種、催芽等過程中均可利用機械完成， 操作簡單、快捷，適于規模化生產。
種子分播均勻，成苗率高，降低了種子成本。
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