沼氣設備系統中生物脫硫系統的運行及控制，具體的內容如下：
1、沼氣從噴淋反應器的下端進入，穿過填料層后從頂部離開，進入后續處理階段，在沼氣管道上應設有流量計，以隨時監測管道內的沼氣流量，此外，在沼管道上還應安裝有沼氣成份分析儀，以定時監測沼氣中脫硫后沼氣內的含量和含量。
2、噴淋培養液從曝氣反應器泵出經換熱器后至噴淋反應塔上部進入，在實現噴淋循環的同時，通過換熱器使系統中培養液維持在一定的溫度環境下。
在調試及運行的期間，先確定一個適合的溫度值。如果溫度下降，啟動換熱器熱水端的管道泵以升高溫度。當溫度升高到設定值時，停止管道泵。
氧氣和氮氣
沼氣在厭氧條件下產生，氧氣和氮氣一般不存在于沼氣中，但是如果空氣從外部進入到系統中，就可能發現氧氣和氮氣的存在。如果沼氣中存在氧氣，會慢慢被消耗掉。氮氣存在則表明沼氣發酵過程存在反硝化作用，或者反應器出現滲漏。在填埋場沼氣中越容易發現氮氣和較少量的氧氣，因為抽取填埋場沼氣時，填埋場形成負壓，容易導致空氣進人填埋場。氧氣和沼氣中的會形成的混合氣體，因此沼氣脫硫設備應謹慎控制氧氣含量。
沼氣工程配套設備堅持無害化原則
農業廢棄物，尤其是畜禽糞便中大量的病原體，會給人畜帶來潛在的危害。故在利用之前要進行糞便和污水的無害化處理，使其在利用時不會對牲畜和作物的生長產生-影響：排放的污水和糞便不會對土地、地下水和地表水產生污染等。污水-規定的標準，選擇適宜的處理工藝和技術達標排放。而應用于還田的固體廢棄物需要進行干燥和堆肥處理，達到無害化標準，以防止生物性污染。
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