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經常性的維護
(1)防潮如果室內潮濕，光學鏡片就容易生霉、生霧。鏡片一旦生霉，軟件自動識別顯微鏡，很難除去。顯微鏡內部的鏡片由于不便擦拭，潮濕對其危害性。機械零件受潮后，容易生銹。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離墻、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1~2袋硅膠作干燥劑。并經常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅后，應及時烘烤，烘烤后再繼續使用。
(2)防塵光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，軟件自動識別顯微鏡價格，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，軟件自動識別顯微鏡廠家，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
(3)防腐蝕 顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如---、---、強堿等。
(4)防熱 防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。
(5)請勿觸碰尖銳的物品，如鐵釘、針等。
(6)非相關人員請勿隨意動用。
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大部分顯微鏡使用一段時間后都會產生鏡片的外面被沾污或發生霉變。尤其是高倍物鏡40x ，在做《觀察植物細胞的質壁分離與復原》實驗時，極容易被糖液污染。如鏡頭被污染不及時清洗干凈就會發生霉變。處理的辦法是先用干凈柔軟的綢布蘸溫水清洗掉糖液等污染物，后用干綢布擦干，再用長纖維脫脂棉蘸些鏡頭清洗液清洗，然后用吹風球吹干。要注意的是清洗液千萬不能滲入到物鏡鏡片內部。因為為了達到所需要的放大倍數，高倍物鏡的鏡片，需要緊緊地膠接在一起。膠是透明的，且非常薄，一旦這層膠被酒精等溶劑溶解后，光線通過這兩片鏡片時，光路就會發生變化。觀察效果會受到很大影響。所以在清洗時不要讓酒精等溶劑滲入到物鏡鏡片的內部。
若是目鏡、物鏡鏡頭內部的鏡片被污染或霉變，就必須拆開清洗。目鏡可直接擰開拆下后進行清洗。但物鏡的結構較復雜，鏡片的疊放，各鏡片間的距離都有非常嚴格的要求，精度也---。生產廠家在裝配時是經過準確校正而定位的。所以拆開清洗干凈后，必須嚴格按原樣裝配好。
生物顯微鏡的鏡片都是用精密加工過的光學玻璃片制成的，為了增加透光率，都需在光學玻璃片的兩面涂上一層很薄的透光膜。這樣透光率就可以達到97%- 98%。這一層透光膜表面很平整光滑，且很薄，一旦透光膜表面被擦傷留有痕跡，它的透光率就會受到很大影響。觀察時會變得模糊不清。所以在擦拭鏡片時，一定要用干凈柔軟的綢布或干凈毛筆輕輕擦拭，若用擦鏡紙擦拭則更要輕輕擦拭，以免損---光膜。
粗調部分故障的排除
粗調的主要故障是自動下滑或升降時松緊不一。所謂自動下滑是指鏡筒、鏡臂或載物臺靜止在某一位置時，不經調節，軟件自動識別顯微鏡，在它本身重量的作用下，自動地慢慢落下來的現象。其原因是鏡筒、鏡臂、載物臺本身的重力大于靜摩擦力引起的。解決的辦法是增大靜摩擦力，使之大于鏡筒或鏡臂本身的重力。
對于斜筒及大部分雙目顯微鏡的粗調機構來說，當鏡臂自動下滑時，可用兩手分別握往粗調手輪內側的止滑輪，雙手均按順時針方向用力擰緊，即可制止下滑。如不湊效，則應找人員進行修理。
鏡筒自動下滑，往往給人以錯覺，誤認為是齒輪與齒條配合的太松引起的。于是就在齒條下加墊片。這樣，鏡筒的下滑雖然能暫時止住，但卻使齒輪和齒條處于不正常的咬合狀態。運動的結果，使得齒輪和齒條都變形。尤其是墊得不平時，齒條的變形更厲害，結果是一部分咬得緊，一部分咬得松。因此，這種方法不宜采用。
此外，由于粗調機構長久失修，潤滑油干枯，升降時會產生不舒服的感覺，甚至可以聽到機件的摩擦聲。這時，可將機械裝置拆下清洗，上油脂后重新裝配。
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