蘋果的砧木直接影響著果樹的樹冠、長勢、結果性狀及抗性，因此必須選用優良砧木嫁接蘋果苗。
我國主要的蘋果砧木主要分為兩大類，一類是喬砧，新疆野蘋果、楸子、西府海棠和平邑甜茶等；另一類是矮化砧，gm256、sh系、m26、m9-t337、尼古拉29等，這些都是傳統的蘋果苗砧木了，其中矮化砧木是目前用的比較多的砧木品種。
如何選擇好的砧木呢，主要看兩點：
一是砧穗親和力好，即砧木要與品種嫁接表現好；二是因地適砧，山西蘋果嫁接苗新品種，不同氣候條件選擇適宜砧木。
不同地域選擇不同的砧木。
東北、新疆等寒冷地區選喬砧或抗寒矮化砧，如gm256、b9、sh系；陜西省洛川以北延安以南可選擇b9、sh系等，洛川以南選擇m9-t337、m26、尼古拉29等。
為什么選擇蘋果組培苗的客戶越來越多？
1、蘋果組培苗培育的品種和砧木純度高。
2、蘋果組培苗抗性好。重視--害，果園單產低、壽命短，-就是-病，明智的選擇就是脫毒苗。
3、蘋果組培苗生長速度快選擇健壯苗，枝條要充實，自然封頂，芽子要飽滿，苗木削尖度大，皮色正常。
4、蘋果組培苗根系表現好。根系要發達，苗子成活看根系，煙富3蘋果嫁接苗新品種，好苗子須根多且粗細一致。
1、樹體矮化效果好，管理成本低。在不采用人工致矮措施的情況下，比普通砧木的樹體小 50%-70%。這樣蘋果矮化砧木可以經濟的利用土地，據研究矮化砧木比較喬化砧相對節約了 40％的土地，并且可以達到密植的目的，它控制了樹體的生長，使樹體生長緩慢而矮小。并且使得樹體的行間距加大，適宜機械化作業，便于管理，利于品種更新。
2、投產早，產量高。使用矮化砧木可促進果樹由營養生長向生殖生長轉化，提早開花和結果，使早期經濟效益提高，單位面積產量增加，提早果實成熟期，增加果實品質，延長盛果期。用矮化砧嫁接的富士蘋果，3 年生結果株率可達到 50%以上，矮化蘋果嫁接苗新品種，進入結果時，單位面積產量一般比喬砧樹增產 30～50%。
3、容易獲得較高的蘋果品質。果樹生產中的方面就是果實品質，果實品質是影響果樹生產的重要因素之一。我國蘋果的產量已經基本上滿足了人們的生活需要，在此基礎上，人們對果品品質的要求也逐漸提高，從而使得提高蘋果品質已經成為當前蘋果生產中急待解決的問題。影響果實品質的因素很多，但隨著集約化果樹生產的進行，發現矮化砧的應用在一定程度上影響了果實品質。矮化砧嫁接蘋果樹，在同樣栽培管理條件下，因樹冠小，光照充足，比喬化砧著色好，糖分高。
根據修剪反應定輕重
實際生產中，有經驗的果農一般都會重點關注
經過冬季修剪的
當三年生枝段上，萌生的枝條多數為中、短枝，一年生枝的長度-短于延長枝，并且抽生有部分葉叢枝時，說明前數年的修剪量比較適宜，當年可以繼續沿用；
當三年生枝段上，僅生有一串葉叢枝，而且這些葉叢又只生有幾片小葉時，說明前數年的修剪量過輕，當年要適當加重修剪程度；當三年生枝段上的一年生枝長度，與延長枝相近或超過延長枝，并且抽生出幾個中、長枝條時，說明前數年的修剪量過重，
當年要適當減輕修剪程度；根據上述反應來判斷修剪量時，比較適用于蘋果幼樹、初果期樹和盛果前期的樹。對于盛果期大樹及衰弱樹，這些修剪反應不典型。
每一種修剪方法都有一個適宜的修剪量范圍，長放法的剪量小于10%；放截輕剪法剪量為20%，放縮輕剪法剪量為20%～30%；縮截重剪法剪量為50%～70%，短截重剪法剪量為30%～40%。在每種修剪方法允許的范圍內，根據下列因素適當調節修剪量。
此外，對易成花的品種，如金冠等剪量宜大些；不易成花的品種，如元帥等剪量宜小些；介于二者之間的品種，富士等可取剪量范圍內的中間值。
對花量較大的樹，美國g11蘋果嫁接苗新品種，剪量宜大些；花量較小的樹，剪量宜小些。
樹勢平衡指上下平衡、里外平衡與左右平衡3個方面，它決定著局部的剪量。生長壯的部位剪量要大些，生長弱的部位剪量要小些。
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