分子生物學服務
公司建有100平米分子實驗室,配備有pcr儀、定量pcr儀、電泳儀、恒溫培養箱、恒溫搖床、垂直電泳儀、蛋白轉印儀、蛋白發光成像儀等設備。分子組---畢業于中國農業大學、華中科技大學同濟醫學院、浙江理工大學等高校生物醫學相關,全部具有碩士研究生以上---,熟練掌握分子生物學相關實驗,可開展多種分子生物學檢測服務。
甲l基化特---的pcr
herman 等 1996 在使用重---酸鹽處理的基礎上新建的一種方法。該方法敏感性高,主要用于作定性研究。用------鹽處理基因組dna,所有未發生jia基化的胞嘧定被轉化為尿嘧ding,而jia基化的胞嘧定不變;隨后設計針對jia基化和非jia基化序列的引物進行pcr。通過電泳檢測msp擴增產物,如果用針對處理后jia基化dna鏈的引物能得到擴增片段,則說明該位點存在jia基化;反之,說明被檢測的位點不存在jia基化。
特點:適用范圍廣,能夠檢測特異位點是否發生jia基化。
------鹽測序法bisulfite sequencing pcr,bsp
------鹽修飾后測序法 bsp frommer 等 1992 提出的研究 dna jia基化方法,此方法-性及jing確度高,能明確目的片段中每一個 cpg 位點的jia基化狀態。用------鹽處理基因組dna,所有未發生jia基化的胞嘧ding被轉化為尿嘧ding,而jia基化的胞嘧ding不變。隨后設計bsp引物進行pcr,在擴增過程中尿嘧定全部轉化為胸腺嘧定,zui后對pcr產物進行測序就可以判斷cpg位點是否發生jia基化,---怎么做,稱為bsp-直接測序法。將pcr產物克long至載體后進行測序,可以提高測序成功率,這種方法稱為bsp-ke隆測序法。
特點:jing確度高,能夠準確檢測出jia基化的程度百分比。
外顯子測序
外顯子組測序exome-seq是對定向富集的基因組dna進行高通量測序,它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年,外顯子組捕獲工具的出現,讓外顯子組測序這種技術迅速紅起來。到目前為止,已有超過1萬個外顯子組被測序。
如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑,包括羅氏nimblegen、安捷倫、illumina,還有現在的華大基因。這些方法究竟孰優孰劣,斯坦福大學醫學院遺傳學系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進行了比較。該研究結果發表在《nature biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、illumina和nimblegen的外顯子組測序平臺對同一個人類-樣品進行分析。他們的結 果表明,nimblegen平臺作為一個使用高密度重疊探針的平臺,盡管覆蓋了較少的基因組區域,但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也少。在同樣獲得80m測序數據的情況下,pcr引物設計,nimblegen有97%的目標序列達到10x以上的測序-,而其他產品只有90%。而安捷倫和illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數量的變異。此外,陜西pcr,illumina還捕獲了未翻譯的區域,這是nimblegen和安捷倫平臺無法靶定的。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序wgs,顯示外顯子組測序能夠檢測到wgs錯過的小變異。
除了文中提到了三個主流平臺,外顯子組捕獲方面的新產品也在不斷推出,研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏nimblegen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產品。這一新產品將可捕獲64m的基因組序列,-,包括外顯子以及mirna,它含與其他nimblegen液相捕獲產品相同的2.1m高密度探針,以高xiao、均一、特異、的定向捕獲。