利用自然光源鏡檢時，盡量用朝北的光源，不宜采用直射陽光;利用人工光源時，宜用日光燈的光源。
鏡檢時身體要正對實習臺，采取端正的姿態，兩眼自然張開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄及繪圖，同時左手調節焦距，使物象清晰并移動標本視野。右手記錄、繪圖。
鏡檢時載物臺不可傾斜，因為當載物臺傾斜時，生物顯微鏡維護保養，液體或油易流出，既損壞了標本，生物顯微鏡多少錢，又污染載物臺，也影響檢查結果。
鏡檢時應將標本按一定方向移動視野，直至整個標本觀察完畢，以便不漏檢，不重復。
顯微鏡的重光為對光，接物鏡的轉換及光線的調節。觀察標本時，光線調節甚為重要。因為所觀察的標本如蟲卵、包囊等，均為自然光狀態的物體，有大有小，色澤有深有淺，有的無色透明，而低倍、高倍接物鏡轉換較多，故須隨著鏡檢時對不同標本和要求，需要-調節焦距和光線，這樣才能使觀察的物象清晰。在一般情況下，染色標本光線宜強，無色或未染色標本光線宜弱;低倍鏡觀察光線宜弱，高倍鏡觀察光線宜強。
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w=(li-l)/l×100%
式中:w--相對誤差(mm);li--讀數顯微鏡的比較段所測出的長度(mm)，(i=1~5);l--標準刻線尺比較段的實際長度(mm)。
讀數顯微鏡的刻度按上述方法逐段進行比較，其誤差應不大于±0.5%。
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目鏡 物鏡的鏡片被污染或霉變
大部分顯微鏡使用一段時間后都會產生鏡片的外面被沾污或發生霉變。尤其是高倍物鏡40x ，在做《觀察植物細胞的質壁分離與復原》實驗時，極容易被糖液污染。如鏡頭被污染不及時清洗干凈就會發生霉變。處理的辦法是先用干凈柔軟的綢布蘸溫水清洗掉糖液等污染物，后用干綢布擦干，再用長纖維脫脂棉蘸些鏡頭清洗液清洗，然后用吹風球吹干。要注意的是清洗液千萬不能滲入到物鏡鏡片內部。因為為了達到所需要的放大倍數，高倍物鏡的鏡片，生物顯微鏡，需要緊緊地膠接在一起。膠是透明的，且非常薄，一旦這層膠被酒精等溶劑溶解后，光線通過這兩片鏡片時，光路就會發生變化。觀察效果會受到很大影響。所以在清洗時不要讓酒精等溶劑滲入到物鏡鏡片的內部。
若是目鏡、物鏡鏡頭內部的鏡片被污染或霉變，生物顯微鏡廠家，就必須拆開清洗。目鏡可直接擰開拆下后進行清洗。但物鏡的結構較復雜，鏡片的疊放，各鏡片間的距離都有非常嚴格的要求，精度也-。生產廠家在裝配時是經過準確校正而定位的。所以拆開清洗干凈后，必須嚴格按原樣裝配好。
生物顯微鏡的鏡片都是用精密加工過的光學玻璃片制成的，為了增加透光率，都需在光學玻璃片的兩面涂上一層很薄的透光膜。這樣透光率就可以達到97%- 98%。這一層透光膜表面很平整光滑，且很薄，一旦透光膜表面被擦傷留有痕跡，它的透光率就會受到很大影響。觀察時會變得模糊不清。所以在擦拭鏡片時，一定要用干凈柔軟的綢布或干凈毛筆輕輕擦拭，若用擦鏡紙擦拭則更要輕輕擦拭，以免損---光膜。
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