有些菜農認為菌肥不能和化肥混合。混合后，高濃度化學物質菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中營養物質含量低，單獨使用難以滿足作物生長的需要。菌肥可與化肥混合使用，如過磷酸鈣等。施土后易固定，與生物有機肥混合使用可減少營養物質的固定和損耗。另外，單獨施用大量化肥和化肥不均勻時，容易對作物產生毒副作用。當有機肥廠家發現與菌肥混合時，這樣的問題就會減少。
土壤中施用大量菌肥，雖然沒有燒根現象，大棚蔬菜有機肥，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不會像化肥一樣燒掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中鹽的積累會增加，瓜果蔬菜有機肥廠，有害消費者的健康和土壤會惡化，蔬菜用有機肥，但是肥料的投入成本會增加，蔬菜的栽培效率會降低。因此，有機肥制造商建議根據作物需求和土壤養分情況科學確定生物肥的施肥量，達到增產增收的目的。
此類產品要通過有機，并嚴格按照有機標準生產才可用于有機農業。另外值得一提的是，在補鉀方面可選用取得有機產品的中信國安“有機天然硫-鎂肥”，該鉀肥填補了有機天然礦物肥的國內空白，蔬菜有機肥，解決了有機農業補鉀難的問題。
-場能濃縮有機肥、-場能濃縮有機肥由畜禽糞有效萃取物、多種元素有機復合物、植物皂苷有機活性劑、磁鐵礦粉等成分科學配方混合，干燥，粉碎過篩，再經過頻率為10mhz高頻電場處理制成。
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