轉錄組測序
轉錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的rna的總和,是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是,轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下,其基因表達情況是不相同的。轉錄組測序rna-seq是指利用第二代高通量測序技術進行cdna測序,實時定量pcr,快速地獲取某一物種特定qi官或組織在某一狀態下的轉錄本。相對于傳統芯片而言,rna-seq無需預先設計探針,即可對物種的細胞類型的轉錄組進行檢測,能夠提供較的數字化信號,更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍,是目前深入研究轉錄組復雜性的---工具。
分子與質粒載體構建
實驗原理
外源dna與載體分子的連接就是dna重組,---怎么做,這樣重新組合的dna叫做重組體或重組子。重組的dna分子是在dna連接酶的作用下,pcr實驗室,有mg2+、atp存在的連接緩沖系統中,將分別經酶切的載體分子與外源dna分子進行連接。dna連接酶有兩種:t4噬菌體dna連接酶和大腸dna連接酶。兩種dna連接酶都有將兩個帶有相同粘性末端的dna分子連在一起的功能,而且t4噬菌體dna連接酶還有—種大腸連接酶沒有的特性,即能使兩個平末端的雙鏈dna分子連接起來。但這種連接的效率比粘性末端的連接效率低,一般可通過提高t4噬菌體dna連接酶濃度或增加dna濃度來提高平末端的連接效率。
t4噬菌體dna連接酶催化dna連接反應分為3步:,t4dna連接酶與輔助因子atp形成酶—amp復合物;然后,酶—amp復合物再結合到具有5磷酸基和3---切口的dna上,使dna腺苷化;后產生一個新的磷酸二酯鍵,把切口封起來。
dna重組的方法主要有粘端連接法和平端連接法,為了防止載體本身的自連,可以通過(牛堿性磷酸酶)cip處理克服。
連接反應的溫度在37℃時有利于連接酶的活性.但是在這個溫度下,粘性末端的氫鍵結合是不穩定的。因此人們找到了一個折中溫度,即12-16℃,連接12-16h(過夜),這樣既可大限度地發揮連接酶的活性,又---到短暫配對結構的穩定。
lncrna測序
長鏈非編碼rnaslong non-coding rnas,lncrnas一般是指長度大于200 nt的rna,位于細胞核內或胞漿中,不參與蛋白質編碼功能,以rna形式在多種層面上表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等調控基因的表達水平,西藏pcr,在生命活動中具有重要作用。
長鏈非編碼rna測序long non-coding rna sequencing,lncrna-seq是一種使用特定方法降低樣本中rrna 的豐度,對富集到的 rna進行---構建,再對高通量測序儀產出的數據進行信息分析的研究方法。lncrna-seq可---獲得樣本中全部的lncrnas信息,對lncrnas的類別、功能進行的深入分析,從而快速準確地獲得與特定生物學過程例如發育、---等相關 lncrna信息。