7.如何檢測引物的純度？
答：實驗室方便的作法是用page方法。使用加有7m尿素的16%的聚---凝膠進行電泳。取0.2-0.5od的引物，用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和，---怎么做，上樣前加熱變性(95℃，2mins)。加入尿素的目的一是變性，二是增加樣品比重，容易加樣。600v電壓進行電泳，一定時間后(約2-3小時)，剝膠，用熒光tlc板在紫外燈下檢測帶型，在主帶之下沒有雜帶，說明純度是好的。如果條件許可，也可以用eb 染色或銀染方式染色。
而有的廠家提供maldi-tof質譜qc控制，從而保障了合成的準確率：
bioneer使用多重maldi-tof質譜儀進行全自動裝載及監測。 每份樣品的質譜分析數據將自動插入到寡核苷酸的信息單中。bioneer是上僅有的幾個對生產的每份核苷酸 (單個寡核苷酸和高通量和成) 都用maldi-tof質譜儀檢測進行核苷酸qc檢測的廠商，而且免費提供質譜數據。
8.如何計算引物的濃度？
答：引物保存在高濃度的狀況下比較穩定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情況下，建議將引物的濃度配制成50pmol/ul，加水的體積微升按下列方式計算：v (微升)= od數*乘33 *乘*乘20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以從合成報告單上獲得。如果需要配制成其他濃度，按上述公式換算。
注意：1 od260= 33 ug/ml.
外顯子測序
外顯子組測序exome-seq是對定向富集的基因組dna進行高通量測序，它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年，外顯子組捕獲工具的出現，實時熒光定量pcr，讓外顯子組測序這種技術迅速紅起來。到目前為止，已有超過1萬個外顯子組被測序。
如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑，包括羅氏nimblegen、安捷倫、illumina，還有現在的華大基因。這些方法究竟孰優孰劣，斯坦福大學醫學院遺傳學系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進行了比較。該研究結果發表在《nature biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、illumina和nimblegen的外顯子組測序平臺對同一個人類---樣品進行分析。他們的結 果表明，nimblegen平臺作為一個使用高密度重疊探針的平臺，盡管覆蓋了較少的基因組區域，但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也少。在同樣獲得80m測序數據的情況下，nimblegen有97%的目標序列達到10x以上的測序---，而其他產品只有90%。而安捷倫和illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數量的變異。此外，illumina還捕獲了未翻譯的區域，這是nimblegen和安捷倫平臺無法靶定的。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序wgs，顯示外顯子組測序能夠檢測到wgs錯過的小變異。
除了文中提到了三個主流平臺，外顯子組捕獲方面的新產品也在不斷推出，研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏nimblegen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產品。這一新產品將可捕獲64m的基因組序列，包括外顯子以及mirna，它含與其他nimblegen液相捕獲產品相同的2.1m高密度探針，以高xiao、均一、特異、的定向捕獲。
登錄后臺
